祝由科.秘诀奇书.乾元亨利贞五册.明末清初钞本 《乾本 下》

“祝由”一说，从现存典籍来看，最早见于《黄帝内经》中的《素问》和《灵枢》。据这两本书的描述和“祝由”一词的本义，“祝”是指“祝祷”，多半是由“巫”来承担的，因为“巫”和“祝”在古代基本上具有同样内涵。“由”则指病因、病由。因此“祝由”就是根据病因之所在，用祝祷去治病的方法。

《素问》说它是一种“古之治病”的方法，是通过“移精变气”的手段来达到其去除病因的目的。由此可知，“祝祷”只是人们可以目睹的表面形式，真正实质性的除病过程是在超越感观以外的“移精变气”中去进行的。

又据《灵枢》，祝由这种治病方法，自来就善治那种突如其来、既无外因又无内因的怪病。这种病一般人都归于鬼神所为，因此由巫来祝祷就是理所当然的了。但歧伯认为，其中也有病邪留在体内“未发”，一旦病者心中情志波动，“血气内乱”、正邪“两气相搏”而成病的。由于这种病的病因(物质结构)极其微细，“视之不见、听而不闻”，因此就像鬼神引起的一样。

当黄帝问为甚么可以祝祷而治愈时，歧伯回答说，古代那些巫，由于知道各种疾病的克制方法，又预先看到病是从哪里来的，因此用祝祷来治疗就能奏效。按《历代职官表》所载，“祝由”治病的方法在周代至唐代以前的官方医疗机构中都没有被提到，但是在唐代的“太医署”中却是四大科之一，只不过名字叫作“咒禁”，更加强调其“祝祷”的内涵以及祷词的“咒语”性质。唐代的“太医署”既是医学教育机构，又是医疗单位，在编制上分为四科：医科、针科、按摩科、咒禁科。每一科中设“博士”、“医师”、“医工”等，在当时的“咒禁科”中设有“咒禁博士”、“咒禁师”、“咒禁工”等。

元代以后医事更加的分化，分为十三科，即；祝由科、大方脉科、小方脉科、杂脉科、风科、产科、眼科、口齿科、咽喉科、正骨科、金疮肿科、针灸科、禁科（指使用禁方、禁药和单方重剂治疗病邪的方法），故民间有“中医十三科，不识祝由科，别称十三科之说”。

明代的最高医疗管理和教育机构是“太医院”。太医院中设有十三科：大方脉、小方脉、妇人、疮疡、针灸、眼、口齿、接骨、伤寒、咽喉、金镞、按摩、祝由。因祝由科排在十三科之末，所以有“祝由十三科”之称。到了清初，太医院的科别设置减为十一科，祝由科被排斥出了太医院。